اسید آلی اصلی و عمده موجود در گوجه فرنگی، اسید سیتریک است. اسیدیته میوه به‌تدریج از مرحله سبزی به طرف قرمز شدن افزایش می‌یابد و حداکثر آن، موقعی است که قرمز شدن و رنگ عوض کردن آن آغاز می‌گردد و پس از آن رو به کاهش می‌گذارد.
ماده رنگی اصلی و عمده گوجه‌فرنگی کاروتنوئید، بتاکاروتن و لیکوپن است. حداکثر مقدار کاروتنوئیدها در حالتی است که گوجه‌فرنگی در زیر تابش مستقیم نور رشد می‌کند.
میوه نارس گوجه فرنگی سمی است و باید از خوردن آن پرهیز کرد. به علاوه خوردن برگ آن که به‌عنوان دارو در مواردی تجویز می‌شود، باید در حد اعتدال و به مقدار مجاز و محدود، در حدی که پزشک تعیین کرده مصرف شود، زیرا برگ آن هم سمی است.
مصرف گوجه‌‌فرنگی برای مبتلایان به درد مفاصل تجویز شده است و برای مبتلایان به نقرس و روماتیسم مفید است.